Geographie
Der Ortskern liegt an einer Bucht (deren künstlich abgetrennter Teil als Binnensee bezeichnet wird, jedoch Zugang zur Ostsee hat), die durch eine vorgelagerte Landzunge, bestehend aus Steinwarder und Graswarder, von der Ostsee getrennt ist. Der Graswarder ist Vogelschutzgebiet. In der Nähe des Ortes befindet sich auch eine Steilküste, man kann hier also drei für die Ostseeküste typisch.
Bauwerke
Den Mittelpunkt der Stadt bildet der Altstadtbereich mit der 750 Jahre alten Stadtkirche mit ihrem Treppengiebelturm, dessen Bauform ohne unmittelbaren dänischen Einfluss nicht zu erklären ist, dem 1992 neu gestalteten Marktplatz mit dem als Wohnhaus gebauten Rathaus von 1882 und den Bürgerhäusern, die zum Teil im Rahmen der Städtebauförderung saniert worden sind. Dieser Altstadtbereich wird in West-Ost-Richtung durch die Bergstraße und den Thulboden und in Süd-Nord-Richtung durch die Mühlenstraße und die Brückstraße getrennt. Im Ortskern und im Bereich des Hafens findet man gut erhaltene Häuser aus vergangenen Jahrhunderten. Besonders sehenswert sind die Häuser an den Straßen Thulboden (zum Beispiel das Heimatmuseum), Hafenstraße (zum Beispiel Alter Salzspeicher), Bergstraße und Brückstraße.

Aktiv-Hus
Wirtschaft
Heiligenhafen ist ein staatlich anerkanntes Seeheilbad und bis heute ein wichtiger Fischereistandort. Außerdem gibt es hier ein großes psychiatrisches Krankenhaus. Westlich des Stadtzentrums befindet sich ein großer Ferienpark, östlich die Fehmarnsundbrücke im Verlauf der Vogelfluglinie. Tourismus, Fischerei, Handel, Handwerk und die Klinik für Psychiatrie, Psychotherapie und Neurologie sowie verschiedene Banken und Behörden bestimmen heute die Beschäftigungsstruktur der Bevölkerung.
Ein neues Gewerbegebiet wurde 1998 im Osten der Stadt erschlossen. Ein interkommunales Gewerbegebiet zusammen mit der Stadt Oldenburg, der Gemeinde Großenbrode, der Gemeinde Gremersdorf und der Stadt Heiligenhafen ist als weiterer Gewerbe- und Industriestandort in Planung. In Heiligenhafen befinden sich viele auf dänische Kunden spezialisierte Lebensmittelgroßgeschäfte, die vor allem ein im Vergleich zu Dänemark preisgünstiges Sortiment an alkoholischen Getränken bereithalten. Dies führt zu einem lebhaften 'Versorgungstourismus, vornehmlich mit Bussen aus Skandinavien, auf den sich mittlerweile auch die deutschen Discounter eingestellt haben.